周时除孔子孔姓外，还有卫国孔姓、陈国孔姓、郑国孔姓等。公元442 年，南北朝刘宋文帝诏令蠲免孔景等五户的课役，专司林墓洒扫。孔景等本不姓孔，因随主改姓，称洒扫户。
五代后梁乾化间，公元913 年，孔景后人孔末乘时不纲，欲冒圣裔，潜通乱民残灭曲阜孔氏，并弑四十二代宗子孔光嗣。那时孔光嗣的儿子孔仁玉出生才九个月，幸好其母张氏抱回外祖家，幸免于难。
后至公元930 年(后唐明宗长兴元年)，鲁人将孔末夺爵之事告于官。朝廷杀孔末，孔仁玉袭爵，被朝廷授予县主薄，后封文宣公，后来的二十派六十户皆仁玉一人之后，所以称为中兴祖。然孔末之孙仍屡冒圣裔，而屡被清除。而孔仁玉的外祖家则成为孔家的世代恩亲，世称张姥姥。
传说将张氏讹为保姆，纯属民间演义。
南宗的世系
据《衢州孔氏南宗家庙志》一书载：
孔氏南宗世系由四十八代衍圣公孔端友开始，第四十九代孙孔玠，字锡老，端友弟端操子，过继于端友为嗣。
第五十代孔搢，字季绅，玠子。
五十一代孔文远，字绍先，搢子。
五十二代孔万春，字耆年，文远子。
五十三代孔洙，字思鲁，一字景清，号存斋。万春子。元至元十九年(1282)世祖忽必烈议立孔子后，众臣皆以寓衢者为大宗。遂召衍圣公孔洙赴阙，欲令其载爵回曲阜主持奉祀。孔洙以先世庙墓在衢，不忍离去，毅然让爵于曲阜宗弟孔治，并以母老为由，乞求南还。世祖赞曰：“宁违荣而不违道，真圣人后也。”拜孔洙为承务郎、国子监祭酒兼提举浙东学校，给俸养廉，并予护持林庙玺书。正宗之罢封自此始。
第五十四世孙孔思许，先名公许，字与道。孔洙无子，以孔传(即孔若古)六世孙孔津长子思许为嗣。
五十五世孙孔克忠，先名宏，字信夫，一字献夫。思许亦无子，以兄思栗子克忠为嗣。五十六世孙孔希路，又作希辂，原名希鲁，字士正，克忠子。五十七世孙孔议，字明伯, 希路子。
五十八世孙孔公诚，字贵文，议子。
五十九世孙孔彦绳，字朝武，公诚子。
明武宗正德元年(1506)，衢州知府沈杰奏请朝廷，授南宗派五十九代孔彦绳为将仕郎，世袭翰林院五经博士，奉衢州先圣庙祀。是为孔氏南宗再次受袭封之始。关于五经博士一职，“家庙志”一书是这样介绍的：“虽然明武宗封赐南宗嫡长裔孙世袭翰林院五经博士一职，但官秩仅正八品，与明代正二品的衍圣公地位相差太远”。《孔子世家谱》为孔氏家族总谱。孔子世家谱以其延时之长，纂辑之广被誉谱牒之冠。同时各支派各有自己的支谱。各支支谱需要报衍圣公府审核备案。
重回北宗
元元贞元年(1295)，北宗五十三代孔治袭封衍圣公，正式为全族宗子，传五十四代思晦，再传五十五代克坚、五十六代希学，希学为大宗户始祖，爵位一直传至七十七代孔德成。
南宗与曲阜衍圣公的关系
大宗主衍圣公对衢州翰林博士拥有绝对的管辖权。衢州翰林博士必须随时将情况报明衍圣公府。
清代对世袭翰林院五经博士有严格的规定，将应袭者的亲供与里邻、亲族甘结，附上应袭者三代履历由西安县逐级转呈，经衍圣公批示，呈请吏、礼部选任。吏、礼部批准后，经予文凭，咨文衍圣公府，转发至翰林公署。衢州翰林博士接到文凭后必须在规定期限内到任，延期不得超过一个月，并将到任时间上报衍圣公府，转报吏、礼部。民国二年北洋政府颁布《崇圣典例》保留衍圣公爵位，改衢州世袭五经博士为世职“南宗奉祀官”，奉祀官的承袭由衍圣公咨文“地方行政长官呈明内务部核准”，承袭过程中仍需族长、各支房长及邻右出具甘结，附上应袭者三代履历相关宗图，印花税洋一元，付衍圣公府掌书厅监印等手续费30 元，一并呈衍圣公府，再由衍圣公府将相关文件及印花税交由山东省长转呈内务部。待内务部批准后，发给任命执照，经山东省长交衍圣公府，再札付南宗奉祀官收悉。
现存孔氏南宗《钦定孔氏家规》是明正德元年(1506)衢州知府沈杰制定，并上奏朝廷钦准刊行。
第一条：遵制典。要求孔氏南宗子孙严守本分，遵崇制典，不得觊觎北宗衍圣公之职。为恐后世南北两派子孙“互相嫌隙，妄起争端”，因此严立规戒，“行令在衢子孙永遵制典，恪守祖风”，“有违者以不忠不孝论，审之重典，永不叙录”。第七条：责报本。规定“南渡孔氏子孙，每十年一赴阙里，谒拜圣祖家庙，祭扫山林……就令会同南北宗谱，开保历代子孙名讳，居曲阜县者书引于前，居衢州府者书引于后……且以见我国家一统文明之化普及南北……”。以上资料与曲阜存档案相符，如曲阜所存南谱记载“世祖皇帝及时宰之意谓洙当袭爵无疑洙乃以子非亲出而又志欲回南，上章力辞而行”“津子公许改名思许继洙后”。
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